Seit Einführung des Wettbewerbes gab es auch immer wieder Änderungen. Zu Beginn in der Saison 1992/1993 wurde zuerst eine K.O.-Phase gespielt und dann die besten acht Teams in zwei Gruppen eingeteilt, wobei die Gruppensieger das Finale bestritten.
Nach nur einigen Spielzeiten wurde der Modus dahingehend reformiert, dass die 32 Mannschaften in acht Gruppen eingeteilt wurden und es statt dem heutigen Achtelfinale eine weitere Gruppenphase gab. Die beiden Erstplatzierten qualifizierten sich für das Viertelfinale. Dieser Modus wurde allerdings, wegen zu wenig Spannung und zu vielen Spielen, wieder geändert.
Aktueller Modus
Die 32 Mannschaften werden in acht Gruppen zu je 4 Teams eingeteilt. In Hin- und Rückspielen werden die Platzierungen ermittelt. Die beiden erstplatzierten Teams steigen ins Achtelfinale auf. Die Mannschaft auf Platz drei spielt in der Euro League weiter.
Dann geht es im K.O.-Modus weiter. Im Achtelfinale hat der Gruppensieger zuerst Heimrecht.
Dabei dürfen in der Gruppenphase, und wenn möglich auch nicht im Achtelfinale, keine Teams aus dem gleichen Verband gegeneinander antreten.
Die Orte der Finalspiele sind von Jahr zu Jahr unterschiedlich.
Wer qualifiziert sich für die Gruppenphase
Die vier erstplatzierten Teams der vier besten nationalen Verbände gemäß der UEFA-5-Jahreswertung (derzeit sind das Spanien, England, Deutschland und Italien) sind automatisch qualifiziert. Dazu kommen der Titelverteidiger der Vorsaison und der Sieger der Euro League, sofern diese nicht ohnehin über die nationale Meisterschaft qualifiziert sind.
Die restlichen Teams werden ebenfalls anhand des UEFA-Rankings der nationalen Verbände ermittelt und müssen teilweise eine oder mehrere Qualifikationsrunden spielen, um sich für die Gruppenphase zu qualifizieren.
Zurzeit gibt es Bestrebungen, den Modus in den nächsten Jahren dahingehend zu ändern, dass es nur noch vier fixe Startplätze aus den nationalen Ligen geben soll, vier Teams kommen aus der Euro League dazu, die restlichen 24 Mannschaften setzen sich aus jenen Teams zusammen, die auch in der Vorsaison in der Königsklasse antaten.